구속영장에는 이재명 대표가 성남시장 재직 시절 김인섭, 정바울 등 민간업자들을 위해 특혜를 줬다는 억지 논리를 펴고 있지만, 정작 한국식품연구원 부지 매각을 압박한 박근혜 씨의 지시가 담긴 국토교통부의 존재가 철저하게 가려져 있거나 일방적인 주장을 근거로 구속영장을 청구한 사실이 확인됐다.
당시 국토부 공문에는 "용도변경 필요기관(한국식품연구원)은 국토부, 지자체간 협의를 통해 종전 부동산에 대한 용도를 변경하여 민간매각 추진"이라는 내용을 확인할 수 있다. 국토부는 "식품연구원은 지방 이전을 추진하고 있으나 종전부동산 매각이 지연되고 있어 이전에 차질을 빚고 있다"며 성남시에 공문을 보내 적극 협조를 당부했다. 실제 한국식품연구원도 민간매각 추진을 위해 성남시에 용도변경을 요청하는 공문을 24차례나 보내기까지 했다.
용도변경을 지시한 주체가 검찰이 구속영장 청구서에 적시한대로 이재명 당시 성남시장이 아닌 박근혜 씨와 국토부라는 것이다. 심지어 검찰은 한국식품연구원의 배임조차 이 대표 탓으로 돌리고 있는 지경이다.
검찰은 이재명 당시 성남시장의 공영개발을 통한 개발이익을 공공으로 환수하려는 노력을 인정하면서도 이 대표가 백현동 개발사업과 관련해 자신의 선거를 도와줬던 김인섭 씨의 청탁을 받아 아파트 건설 목적의 용도변경, 성남도시개발공사의 사업 참여 배제 등을 승인해 주었다고 주장했다.
하지만 김인섭 씨가 어떤 방식으로 이 대표에게 청탁을 했고, 이 대표가 얻은 이익은 무엇인지 정진상 씨를 내세우긴 했지만 검찰은 이를 직접적으로 증명하지 못했다.
한편, 이재명 대표에게 제기된 대북송금 관련 혐의도 김성태 전 쌍방울 회장의 진술에만 의존한 것이 드러났다. 구속영장 청구서에는 이 대표와 김성태 전 회장의 직접적인 연관성조차 구체적으로 적시하지 못했다.